ICAN Omics lipidomics
Qu’est-ce que la lipidomique ?
Le lipide est une petite molécule insoluble ou peu soluble dans l’eau. Les lipides jouent un rôle essentiel dans toutes les espèces biologiques. La lipidomique est une science de la composition lipidique des échantillons biologiques. Des altérations lipidomiques sont observées dans les tissus et les fluides humains dans des états pathologiques, y compris des maladies cardiométaboliques, telles que des troubles cardiovasculaires, le diabète et l’obésité. La lipidomique combine des technologies de pointe qui donnent une vision holistique de ces perturbations et fournissent des détails moléculaires des voies biochimiques altérées et des biomarqueurs à usage thérapeutique.
La plateforme ICAN Omics lipidomics
Des technologies de pointe telles que la spectrométrie de masse couplée à la chromatographie gazeuse ou liquide permettent à l’IHU ICAN de garantir des analyses quantitatives et ultra-sensibles sur des centaines d’espèces lipidiques dans diverses matrices biologiques.
« Sur la plateforme ICAN Omics lipidomics de l’IHU ICAN, 450 espèces lipidiques sont mesurées en routine, y compris > 230 glycérophospholipides, 70 sphingolipides et > 130 lipides neutres. Ces études ont conduit à des dizaines de publications dans des revues internationales à comité de lecture et à plusieurs demandes de brevets impliquant de nouveaux biomarqueurs de maladies. »
Dr Anatol Kontush, Directeur scientifique (UMR ICAN 1166).
Expertises et services
1. Profilage complexe par LC-ESI-MS/MS
- Glycerophospholipides (238): PC, LPC, PE, LPE, PE plasmalogen, PI, PG, LPG, BMP, PS, PA
- Sphingolipides (70): Sphingomyelin (SM), ceramides, dihydroceramide (DHC), acylceramides
- Lipides neutres (135) : TAG, DAG, MAG, CE, cholesterol
2. Approche ciblée en vue d’études de voies métaboliques précises (LC-MS/MS et GC-EI/CI-MS)
- Métabolites issus du microbiote: stanols (coprostanol, epicoprostanol, ethylcoprostanol), acides biliaires (primaires, secondaires, conjugués)
- Acides gras libres (FFA) (27 lipides): 15:0, 16:0, 16:1, 17:0, 18:0, 18:1, 18:2, 18:3 (w3 et w6), 20:0, 20:1, 20:2, 20:3 (w3 et w6), 20:4, 20:5, 22:0, 22:1, 22:4, 22:6, 23:0, 24:0, 24:1
- Voie de synthèse du cholesterol: squalene, lanosterol, desmosterol, lathosterol, cholesterol
- Marqueurs d’absorption intestinale: phytosterols (campesterol, β-sitosterol, stigmasterol), cholestanol
Matrices : Biofluides (plasma, serum, lipoproteines (VLDL, LDL HDL)), feces, tissu (foie, tissu adipeux, cerveau, cœur, muscle), autres (exosomes, mitochondries, cellules, bactéries…)
Équipements sur la plateforme
- GC-MS : Trace 1310/ISQ LT (ThermoFisherScientific)
- LC-MS/MS: HPLC (Prominence Shimadzu)/ QTrap 4000 (AB Sciex)
- Automate pré-analytique LV200 (Biotage)
- Homogénéisateur Precellys Evolution (Ozyme),
- Manifold à pression positive (Waters positive pressure manifold – 96)
- Concentrateur speed vacuum SPD131DDA avec piège cryogénique (Thermo Fisher Scientific).
Développements en cours
- Sphingosines, sphingosine-1-phosphate
- Oxystérols
Rayonnement d’interaction de la plateforme lipidomics
- Education : plateforme de référence du parcours OMICS du master Biomics de Université Paris Est Créteil
- Réseaux locaux : UMS RésOmique SU
- Réseaux nationaux : MetaboHub, RFMF, Lipidomystes, Consortium Microbiote INSERM
- Réseaux internationaux : ELM, MPF, Metabomeeting, European Regional Metabolomics Networks
Certifications
Label IBiSA obtenu en 2020 (https://www.ibisa.net/plateformes/icanomics-635.html)
Équipe
Dr Marie Lhomme (IR, ICAN)
Responsable opérationnel
Dr Anatol Kontush (DR, UMR ICAN 1166)
Directeur scientifique
Dr Maharajah Ponnaiah (IR, ICAN)
Data Scientist
Sora Lecocq (Tech, ICAN)
Technicien
Comité scientifique
Pr. F.Mochel (ICM)
Dr F.Lamari (APHP)
Dr GI Boneca (Pasteur)
Dr F.Fenaille (CEA)
Dr W. Le Goff (UMR ICAN 1166)
Contact
Conditions d'accès
- Téléchargez le formulaire ci-dessous et renvoyez à m.lhomme@ihuican.org
- Votre projet sera soumis au comité de pilotage
- Après validation, devis établi et projet initié
Publications majeures
