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Soutenir le projet CALORR

Le projet CALORR : Mieux comprendre les altérations d’épissage responsables de cardiomyopathies grâce au séquençage de 3ème génération

Le soutien de nos mécènes est essentiel pour le développement de ce projet

Contexte

  • Les cardiomyopathies sont des maladies affectant la structure et la fonction du muscle cardiaque. Elles débutent le plus souvent chez l’adolescent ou l’adulte jeune.
  • Les complications sont majeures, avec un risque accru de mort subite cardiaque, ainsi qu’une dysfonction sévère pouvant nécessiter à terme une greffe cardiaque.
  • Les cardiomyopathies sont la 1ère indication de greffe cardiaque. Elles représentent plus de 70% des greffes chez les patients de moins de 40 ans.
  • Leur cause est souvent génétique: il est donc important d’identifier la cause moléculaire pour la bonne prise en charge du patient et de ses proches. Toutefois, la cause génétique n’est retrouvée que dans 30 à 50% des cas selon les morphotypes.
  • De nouvelles approches doivent donc être envisagées pour améliorer le rendement diagnostique des tests génétiques, ce qui constituerait un bénéfice majeur pour le patient et sa famille.

Avec le projet CALORR, nous proposons une stratégie innovante par séquençage de l’ARNm de 3ème génération (Long Read RNA-Seq). Cela permettrait de mieux comprendre les altérations d’épissage responsables de cardiomyopathies, afin d’envisager ensuite la définition d’un nouveau panel diagnostic par séquençage de l’ARNm qui améliorerait le rendement diagnostique.

Les données obtenues serviront également à l’établissement d’une nouvelle base de référence inédite recensant les différents isoformes retrouvés dans chacun des 4 compartiments cardiaques de cœurs sains.

Objectifs du projet

  • Améliorer le diagnostic chez les patients atteints de cardiomyopathies héréditaires grâce à une approche innovante, permettant ainsi la meilleure prise en charge du patient et de ses apparentés, et les rendant aussi potentiellement éligible aux nouveaux traitements : thérapie ciblée gène dépendant, thérapie génique,
  • Améliorer les connaissances actuelles sur les mécanismes d’épissage en incrémentant des bases de données existantes, afin d’améliorer les performances des algorithmes de prédiction d’épissage.

Caractère innovant du projet

  • Ce projet s’appuie sur l’utilisation d’une technologie récente : le séquençage de 3ème génération (« Long Read »). Cette technologie innovante permet d’avoir accès à de nouvelles données non accessible par les techniques de séquençage actuelle. L’approche transcriptionnelle pour le diagnostic est également un projet qui se développe dans plusieurs autres spécialités, mais reste encore à ce jour en suspens dans le domaine des cardiomyopathies.
  • Aucun travail à ce jour n’a permis de séquencer avec cette technologie une telle collection de tissus cardiaques humains explantés sur des patients atteints de cardiomyopathies ou donneurs sains, et issus de chaque compartiment cardiaque.
  • Le caractère inédit des données générées permettra d’incrémenter de nombreuses bases de données existantes (GTex, SpliceAI…), et l’analyse de ces données permettra une amélioration des connaissances de l’épissage tissu spécifique sur le plan moléculaire qui pourra être transposée au diagnostic clinique.

Bénéfices patients

  • Amélioration du diagnostic moléculaire,
  • Meilleure prise en charge des patients et apparentés,
  • Eligibilité aux traitements émergents (thérapies ciblées : Omecamtiv Mecarbil / Mavacamten, thérapies géniques : AOS,..).

Durée de l'étude

  • 2 ans

Porteurs du projet

  • Eric Villard: Chercheur UMR 1166/ICAN équipe Génomique et physiopathologie des maladies cardiovasculaires : des maladies monogéniques aux maladies multifactorielles
  • Pr Phillipe Charron: Cardiologie et maladies vasculaire - Chef équipe 1 UMR 1166/IHU ICAN Génomique et physiopathologie des maladies cardiovasculaires : des maladies monogéniques aux maladies multifactorielles, responsable de la filière Cardiogen
  • Laetitia Rialland: Etudiante-chercheuse en thèse - double cursus médecine et science

Budget global

80 000 €